Sau năm 1975, Ngọc Khê là một xã thuộc huyện Trùng Khánh.

Ngày 13 tháng 12 năm 2007, thành lập xã Ngọc Côn trên cơ sở điều chỉnh 2.367,63 ha diện tích tự nhiên và 2.226 người của xã Ngọc Khê. Xã Ngọc Khê còn lại 2.810,37 ha diện tích tự nhiên và 2.695 người.[1]

Đến năm 2019, xã Ngọc Khê được chia thành 11 xóm: Đỏng Dọa, Đỏng Ỏi, Giộc Sâu, Giộc Sung, Lũng Hoài, Lũng Lầu, Nà Bai - Khả Mong, Bản Nhom, Nà Lỏng - Nà Gạch, Nông Trường, Thom Luông.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập hai xóm Giộc Sung và Nà Lỏng - Nà Gạch thành xóm An Hỷ, sáp nhập xóm Lũng Hoài vào xóm Đỏng Ỏi, sáp nhập hai xóm Bản Nhom và Nà Bai - Khả Mong thành xóm Ngườm Hoài.[3]